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安倍晋三1987年与森永制造株式会社家族千金安倍昭惠结婚，2人结婚34年膝下无子，不过安倍晋三对妻子百般疼爱，还曾在面子书分享爱妻之道，“家庭幸福的秘诀就是向妻子投降！”
有传闻指出，安倍晋三和安倍昭惠是透过人介绍而认识，安倍晋三在见到对方后就一见钟情，展开猛烈追求，而安倍昭惠见到这个比自己大7岁，且穿着老土、个性沉闷的男人并没有太大兴趣，不过后来2人仍谈起恋爱，相恋近3年后步入礼堂。
安倍晋三的夫人安倍昭惠是日本史上最年轻、关注度最高的第一夫人，也曾惹出过不少争议，还被指为是史上最会连累老公的“第一夫人”。
安倍昭惠个性外向热情，喜爱社交，经常在宴会上代滴酒不沾的丈夫干杯；2012年安倍晋三在积极准备自己的第二次竞选时，安倍昭惠却被爆出在小酒吧中亲自端盘子跑堂，招待客人，送客人出门，让不少日本民众认为相当丢脸，有失国体。
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卷入森友学园丑闻
敷衍嘲讽态度作回应
2017年初，安倍晋三先后卷入森友学园和加计学园丑闻。先是被曝夫人安倍昭惠为森友学园向地方政府疏通，令后者低价购得国有土地。
后又被指通过内阁官房官员向文部科学部授意，为自己老友担任理事长的加计学园新设兽医学部，定制相应的行政规则。加计学园因此获得地方政府的相应补贴。
面对在野党的国会质询，安倍凭藉议席优势，采取敷衍甚至嘲讽的态度作为回应。他拒绝了首相夫人到国会作证的要求。在加计学园问题上，先是否认与己有关，然而随后文部科学省前官员的发言和相关文件都显示，存在“首相的意向”“最高层授意”等事实。
2017年6月19日，日本首相安倍晋三在国会闭幕后的例行记者会上，对自己有关加计学园和森友学园问题的国会答辩表现进行反省。
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任首相8年后
因健康问题辞职
安倍晋三在2020年8月28日举行新闻发布会说，他得面对自己的治疗，不能因治疗而在决策上犯错，只能决定辞任首相。他为此向人民道歉。
安倍此次首相任期已近8年，但近来因新冠肺炎疫情的应对，在日本国内不断遭遇批评，其内阁支持率也不断下降。
安倍本还在数日内第二次前往医院，引发外界对他健康状况的猜测。他曾表示，自己自高中起便患有溃疡性结肠炎，2007年时他还因为发病辞去首相职务。日本放送协会（NHK）报道称，安倍希望避免为其政府制造麻烦。
安倍晋三说: “13年前溃疡性结肠炎发作，当时辞去了首相职务，给国民带来了很大疑惑与不安。之后我又再次担任首相，在这将近半年的时间里一直在努力控制自己的疾病，争取能不影响首相工作。但是今年6月份，在身体健康时发现再次发作的迹象，当时也是使用药物治疗。但在上月中旬身体状况突然出现恶化，消耗相当大的体力，在8月上旬确诊溃疡性结肠炎再次发作，可能会用到新的药物。在这种情况下，新药还需要医生的预判，预判恐怕不会很快做出。”
“担任首相以来，这8年作为首相全心全力工作，如果有疾病在身恐怕身体状况不能再完全的情况下会影响担任首相的职责，政治判断上恐怕出现错误导致不好的结果，有这种担心我的判断是没有自信承担国民的重托，不再合适继续作为首相，因此我决定辞去首相职务”。
安倍晋三辞职后，时任内阁官房长官菅义伟在赢得自民党总裁后接任首相职务。
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